Authentifiez vos lignées cellulaires en toute autonomie dans votre laboratoire
Pourquoi authentifier vos lignées cellulaires ?
Des lignées cellulaires contaminées ou mal identifiées peuvent entrainer l’invalidation des résultats obtenus, et ainsi causer une perte de temps et d'argent. Il a été estimé qu’environ 20 % des articles publiés pourraient ainsi être invalidés.
Depuis 2016, de nombreuses revues exigent l'authentification des lignées cellulaires utilisées avant la soumission d'un article.
Quand dois-je authentifier une lignée cellulaire ?
- Après avoir constitué ou fait l’acquisition d'une nouvelle lignée cellulaire
- Lorsque vous démarrez une nouvelle culture cellulaire
- Au début d'une nouvelle série d'expériences
- Lorsque vous observez un comportement cellulaire incohérent ou des résultats inattendus.
- Lorsque vous vous préparez à la publication de vos résultats
- Au moment de la congélation de cellules pour en vérifier la pureté
Comment réaliser l'authentification de vos lignées cellulaires ?
Cette approche repose sur l'analyse de microsatellites ou STR (Short Tandem Repeats) qui sont des éléments de séquences répétitives d’une longueur de 2 à 7 paires de bases et disséminés dans tout le génome humain. Ces séquences sont polymorphes, le motif spécifique d'un même locus étant répété en nombre illimité de fois.
En 2011 une procédure standard de génotypage par STR, ANSI/ATCC ASN-0002-2011, a été publiée par un comité d'experts pour permettre l’authentification des lignées cellulaires.
Tout d'abord, les STR sont amplifiés par PCR à l'aide d'amorces situées en dehors de la séquence répétée. Les amplicons résultants sont séparés par électrophorèse capillaire pour déterminer le nombre de répétitions existant dans l'échantillon. Le profil STR ainsi obtenu est ensuite comparé à un échantillon de référence pour vérifier l'origine de la lignée cellulaire ou du tissu.
La sensibilité de l'analyse des loci polymorphes, capable de créer des profils complets à partir de moins de 100 pg d'ADN, permet également de pouvoir détecter dans un échantillon biologique la présence d'infimes quantités de cellules ou de tissus contaminants.
L'authentification des lignées cellulaires vous donne ainsi l'assurance que vos lignées sont correctement identifiées et qu'elles ne sont pas contaminées par d'autres cellules.
Quelles sont les étapes de l'authentification d’une lignée cellulaire ?
- Vérifiez auprès de l’ICLAC (Comité international d'authentification des lignées cellulaires) que le nom de votre lignée cellulaire ne figure pas dans le registre des lignées répertoriées comme fausses ou mal identifiées,
- Effectuez un génotypage STR sur l'ADN purifié à partir de votre lignée cellulaire, ou à partir de cellules conservées sur des cartes d'échantillons de stockage,
- Comparez le génotype obtenu à une base de données de référence, comme la base de données STR de l'ATCC, la base de données de profils STR de la DSMZ ou Cellosaurus,
- Déterminez le pourcentage de correspondance.
Outre la réalisation d'un génotypage STR, il faut envisager des mesures supplémentaires pour détecter d'autres types de contamination, comme des analyses régulières de recherche de mycoplasmes et, si par exemple des lignées cellulaires de souris sont utilisées en parallèle dans le laboratoire, des tests de contamination de vos lignées humaines par ces cellules.
Comment mettre en pratique cette validation en toute autonomie dans votre laboratoire ?
==>Pour l’amplification des loci polymorphes
Les systèmes GenePrint® 10 et GenePrint® 24 proposés par Promega sont conçus pour amplifier par une réaction multiplex, respectivement 10 à 24 loci de l’ADN génomique humain, extrait de cultures cellulaires ou de tissus .
Plus le nombre de loci amplifiés est important, plus la puissance statistique de la discrimination est élevée.
==>Pour l’analyse des STR
Le Système Spectrum Compact CE, nouveau séquenceur capillaire proposé par Promega, offre la possibilité de traiter l’analyse de ces STR.
Cet instrument adapté au faible ou moyen débit qui offre une flexibilité dans la programmation des cycles, une interface facile à utiliser, et qui minimise les déchets de réactifs, répond parfaitement aux besoins d’un laboratoire ou d’une petite structure de laboratoires pour réaliser l’authentification de leurs lignées cellulaires et/ou identifier des contaminations croisées.
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