Gayetri RAMACHANDRAN, post-doctorante première lauréate du Prix National Jeunes Chercheurs PROMEGA 2019
Article rédigé par Solenne DENIS, La Gazette du LABORATOIRE. Article paru dans l'édition de février 2020
PROMEGA France a dévoilé le 10 décembre dernier le nom du lauréat de son 1er Prix National Jeunes Chercheurs. Une lauréate plus exactement, puisque le projet élu est celui de Gayetri RAMACHANDRAN, post-doctorante au sein de l’Institut Imagine et de l’Institut Necker Enfants Malades, à Paris. Centrés sur les interactions Hôte – Microbiote, ses travaux s’intitulent : « Characterisation of methyltransferases from gut-inhabiting and immunostimulatory bacteria called Segmented Filamentous Bacteria ».
L’objectif du Prix National Jeunes Chercheurs PROMEGA est de récompenser les meilleurs articles et communications scientifiques présentant des applications ou des méthodologies novatrices qui font appel à une technologie PROMEGA. Le Prix est doté d’un voyage aux Etats-Unis à l’occasion d’un congrès - que le gagnant peut choisir parmi les événements auxquels participe PROMEGA - et associé à la visite de son pôle R&D, à Madison, à la rencontre de ses spécialistes.
Un jury composé de spécialistes PROMEGA - support technique, laboratoire d’applications européen PETAL, chefs de produits - a dans une première étape retenu 10 candidatures sur la base de leurs abstracts. Puis l’ensemble de la communauté Scientifique Française (Chercheurs confirmés, Jeunes Chercheurs, Doctorants et post-doctorants) a été convié à découvrir les 10 projets sur notre site et à voter pour le projet de leur choix durant plus de 6 semaines. Pour l’édition 2019, c’est sans conteste, que le projet de Gayetri RAMACHANDRAN a remporté le plus de votes et nous la félicitons doublement pour ce prix qui est le premier de PROMEGA en France. Gayetri nous répond à nos questions sur ce 1er Prix National Jeunes Chercheurs PROMEGA…
La Gazette du Laboratoire (LGdL) : « Bonjour Gayetri et tout d’abord, félicitations pour ce 1er Prix ! Vous exercez aujourd’hui en tant que post-doctorante au sein de l’Institut Imagine et de l’Institut Necker Enfants Malades. Pourriez-vous nous en dire plus sur votre parcours, votre formation et l’orientation de vos travaux de recherche ? »
Gayetri RAMACHANDRAN (G. R.) : « Je travaille en effet aujourd’hui dans le laboratoire « Interaction Hôte-Microbiote » dirigé par Nadine CERF-BENSUSSAN, au sein de l’Institut Imagine et de l’Institut Necker Enfants Malades. Je suis d’origine indienne. J’ai tout d’abord obtenu une Licence en microbiologie, puis un Master en biotechnologies en Inde, avant d’arriver en Europe en 2010, à Madrid, pour débuter ma thèse de science. J’ai eu la chance d’intégrer un centre de recherche et de formation espagnol réputé - El Centro Biologia Molecular Severo Ochoa – aux côtés du Dr. Wilfried MEIJER. Nous avons étudié les mécanismes de transfert de plasmides entre bactéries, dont le rôle semble particulièrement important dans la propagation des résistances aux antibiotiques. Après ma thèse, en 2015, je me suis installée à Paris, où j’ai d’abord réalisé un premier post-doc à l’Institut Pasteur dans le laboratoire de David BIKARD, spécialisé en biologie de synthèse (CRISPR), avant de commencer le deuxième post-doc que je poursuis actuellement au sein de l’Institut Imagine et l’Institut Necker Enfants Malades. J’ai donc toujours travaillé dans le domaine de la microbiologie, sous ses différentes formes : mécanistique, moléculaire, biologie de synthèse, microbiote, immunologie... Notre projet actuel porte sur une meilleure compréhension des interactions entre l’hôte et ses bactéries afin de développer de nouvelles approches vaccinales… »
LGdL : « Pouvez-vous nous présenter plus précisément votre laboratoire, votre équipe ? »
G. R. : « Le laboratoire « Interaction Hôte-Microbiote » est animé par une équipe très internationale et en pleine croissance ! Nous sommes actuellement trois post-docs (une indienne, une chypriote et un singapourien) et une Chargée de Recherche INSERM, d’origine allemande : Pamela SCHNUPF. Un étudiant français en master va intégrer notre unité d’ici quelques jours et nous devrions accueillir sous peu une nouvelle post-doc, espagnole. Pamela a par ailleurs récemment obtenu un poste de responsable d’équipe au sein de l’Institut Necker Enfants Malades. Nous emménagerons donc bientôt dans le nouveau bâtiment de l’Institut Necker Enfants Malades dans le 15ème arrondissement de Paris, sur le site de l’hôpital Necker, juste à côté de l’Institut Imagine. »
LGdL : « Vos recherches ciblent le microbiote, qui suscite un grand intérêt pour le rôle notamment qu’il joue dans le développement de certaines pathologies, en particulier auto-immunes et inflammatoires. Quel est aujourd’hui l’objectif de vos travaux de recherche ? »
G. R. : « Notre corps est en effet colonisé par des milliards de bactéries qu’on appelle le, ou plutôt les, microbiotes : microbiote cutané, microbiote intestinal, microbiote vaginal… Cet univers microbiologique s’impose aujourd’hui dans le domaine de la recherche et ouvre véritablement une nouvelle voie dans la manière de penser la santé humaine. Au laboratoire, nous nous intéressons tout particulièrement à une bactérie intestinale aux propriétés immunomodulatrices remarquables, baptisée SFB (Segmented Filamentous Bacteria). Nous aimerions caractériser plus précisément les interactions entre cette bactérie et l’hôte au sein de notre intestin, afin de comprendre les liens qui existent entre notre microbiote intestinal et notre système immunitaire. A ce jour, la biologie de SFB reste peu connue ; aussi, grâce à ma spécialisation en microbiologie, je travaille à décrire l’un de ses systèmes moléculaires : le système de restriction-modification (RM) de SFB. Ces recherches fondamentales nous permettront de développer des outils et des méthodes pour modifier cette bactérie et en faire un principe vaccinal innovant ».
LGdL : « Votre équipe a-t-elle développé une « spécialité », une technique propre à votre domaine de recherche ? »
G. R. : « Nous utilisons les souris « germ-free », des souris sans bactéries, pour cultiver cette bactérie intestinale un peu spéciale qu’est SFB. Par ailleurs, notre responsable d’équipe, Pamela SCHNUPF, a développé une technique in-vitro adaptée à la culture de SFB à partir de cellules intestinales en chambre anaérobie. »
LGdL : A propos de PROMEGA… « En tant que jeune chercheuse, quand et comment avez-vous connu PROMEGA ? Quel est le premier produit de ses gammes que vous ayez utilisé ? »
G.R. : « Promega est une marque bien connue des scientifiques qui exercent dans le domaine de la biologie moléculaire. Lors de ma thèse, alors que je travaillais sur la bactérie Bacillus subtilis, j’ai eu recours aux systèmes Wizard® Plus SV Minipreps DNA Purification de Promega. À cette époque, c’était mon kit préféré ! »
LGdL : « Comment avez-vous eu connaissance du Prix Jeunes Chercheurs ? »
G. R .: « Sur le site de la Gazette du Laboratoire ! C’est un des sites consultés régulièrement par les jeunes chercheurs, notamment pour consulter des offres d’emplois, et j’y ai découvert par hasard une annonce concernant le Prix National Jeunes Chercheurs PROMEGA. J’ai trouvé cela intéressant et m’y suis inscrite…
LGdL : « Quel produit PROMEGA utilisez-vous dans le cadre des travaux dont vous avez soumis l’abstract au Prix Jeunes Chercheurs ? »
G. R. : « Le réactif Promega MTase-Glo™ Methyltransferase Assay… Je m’explique : les systèmes de restriction-modification (RM) bactériens sont composés de deux types d’enzymes. Les premières sont des méthylases, capables chez les bactéries de modifier l’ADN pour l’identifier comme soi (« self », en anglais). Les deuxièmes sont des enzymes de restrictions dont le rôle est de couper les ADNs qui n’ont pas été modifiés par les méthylases. Ainsi, chaque bactérie possède ses propres méthylases et enzymes de restrictions. C’est pour étudier les fonctions d’une de ces familles de bactéries qui m’intéresse tout particulièrement - les méthylases de SFB - que je fais appel au réactif Promega MTase-Glo™ Methyltransferase Assay. Les premiers atouts que je lui trouve reposent sur son efficacité et sa facilité d’utilisation, ce qui est assez innovant, comparé aux tests ELISA généralement employés pour tester les modifications sur l’ADN ».
LGdL : « Travaillez-vous régulièrement avec d’autres produits de la gamme PROMEGA ? Pour quels types d’applications ? »
G.R. : « Je fais des clonages bactériens presque tous les jours. Par conséquent, j’utilise souvent le Wizard® Genomic DNA Purification Kit et parfois aussi le Wizard® SV Gel and PCR Clean-Up System. Je me fournis donc chez PROMEGA essentiellement pour leur gamme de produits en biologie moléculaire ».
LGdL : « Pour conclure, quelles thématiques, quels objectifs de recherche souhaiteriez-vous étudier au-delà de votre post-doc? Dans quel institut aimeriez-vous poursuivre votre carrière ? »
G. R. : « Ces dernières années, nous avons découvert à quel point notre corps fonctionne en étroite interaction avec cet ensemble de microorganismes, notamment de bactéries, qu’on appelle le microbiote. Le rôle des microorganismes qui colonisent notre intestin est bien plus important que ce que nous avions imaginé, et ne doit pas seulement être résumé aux bactéries pathogènes - qui restent par ailleurs un vrai problème. Le microbiote est un domaine complexe mais certainement plein d’avenir, et j’aimerais donc poursuivre mes recherches dans des instituts ou des entreprises qui s’intéressent à ce sujet. Un domaine qui me plairait plus particulièrement serait l’étude du rôle des bactériophages sur le système immunitaire dans les maladies intestinales… »
A propos du 1er Prix National Jeunes Chercheurs PROMEGA
Le « Prix National Jeunes Chercheurs » a été lancé par PROMEGA en mars 2019.
Son objectif ? Distinguer les meilleurs abstracts publiés par les jeunes chercheurs et approfondir la compréhension de mécanismes d’action sur des applications originales ou des méthodologies innovantes intégrant un produit PROMEGA, spécifique à ces travaux. Ce Prix représente également une belle opportunité de renforcer et pérenniser les liens entre PROMEGA et les jeunes chercheurs, de partager les connaissances générées et de créer un cercle de jeunes scientifiques concernés par ces champs de recherche novateurs.
L’appel à projets – ouvert à tous étudiants poursuivant un cursus universitaire en thèse ou en post doc et résidant en France – a recueilli plusieurs dizaines de candidatures. Chaque participant a exposé ses travaux sous la forme d’un abstract scientifique de 350 mots maximum. Après une première sélection du Comité PROMEGA, dix nominés ont été retenus et leurs abstracts ont été publiés début septembre sur le site internet du Groupe, dédié au programme Jeunes Chercheurs (https://france.promega.com/c/jeunes-chercheurs/). Parallèlement, il a été proposé à chaque nominé de réaliser une courte séquence vidéo exposant ses recherches. Ces vidéos ont été jointes aux présentations en ligne des candidats, de leur laboratoire et de leurs travaux.
C’est ensuite – que les dix projets nominés ont été soumis au vote de toute la communauté scientifique, hors PROMEGA. Et c’est finalement, après la prise en compte de plus de 1300 votes, que PROMEGA a annoncé le 10 décembre 2019 le trio gagnant de son 1er Prix National Jeunes Chercheurs PROMEGA.
A la première place, Gayetri RAMACHANDRAN ,A la 2ème place de ce palmarès 2019 : Alexis PORCHER - Institut de Recherche en Horticulture et Semences (IRSH), suivi pour le 3ème Prix, de Mélodie DUPRE - Timc Imag IGEM.
Félicitations à l’ensemble des participants ainsi qu’à PROMEGA pour cet événement au succès très prometteur !
Pour en savoir plus : https://www.promega.com/c/prix-jeunes-chercheurs/
