Qu'est-ce qu'un variant ?
Dans tous les organismes vivants, à chaque réplication du génome, une erreur peut se produire. Ces mutations peuvent alors entrainer l’apparition de maladies génétiques ou de cancers. A plus grande échelle, les mutations aléatoires sont des facteurs contribuant activement à l'évolution des espèces.
Au cours de la pandémie de la COVID-19, le virus du SARS-CoV-2 a généré de nombreuses mutations en se propageant au travers le monde. La plupart d’entre-elles ont été anodines - le virus n'a pas changé de manière significative. D'autres ont donné naissance à des variants telles que B.1.1.7 et B.1.351 qui sont des formes plus contagieuses de ce virus.
En étudiant l'évolution d’un virus, il est ainsi possible de surveiller sa propagation et de prédire les caractéristiques des variants au fur et à mesure de leur détection.
Les variants d’un virus
Les virus peuvent évoluer beaucoup plus rapidement que les formes de vie multicellulaires. Un seul individu infecté renferme des milliards de particules virales- un virus pouvant être dupliqué jusqu'à 100 trillions de fois. À ce rythme, les mutations sont inévitables et se produisent en permanence. Un virus portant une mutation devient alors un variant, génétiquement distinct de la forme virale d’origine.
Toutefois, une simple substitution nucléotidique ponctuelle ne modifie pas forcément la séquence des acides aminés. Mais le suivi de ces variants par séquençage génomique donne des indications précieuses sur la façon dont circule et évolue le virus.
La séquence d'un génome viral constitue une sorte d'empreinte digitale pour un échantillon spécifique relié à un lieu et relevé à un instant précis. L’accumulation de ces empreintes collectées permet de constituer une carte de propagation du virus. Par exemple, si une mutation spécifique répertoriée pour la première fois à un instant T et à un endroit précis, apparait ensuite dans des lieux géographiques voisins, cela indique que le virus circule entre les habitants de ces 2 zones. Les organismes de santé publique peuvent alors se baser sur ces informations pour évaluer l’efficacité des mesures de prévention mises en place.
https://www.youtube.com/watch?v=8NV0QW2Hl9Q
Suivre l'évolution virale
En plus d'informer et d'évaluer l’efficacité des mesures de prévention décidés par les organismes de santé publique, les données de séquençage aident les chercheurs à construire la phylogénie du virus. En partant de la première forme connue du virus, les nouveaux variants peuvent être classées en fonction de leurs liens évolutifs. Les diagrammes ainsi constitués deviennent rapidement complexes avec la découverte constante de nouveaux variants.
Les chercheurs regroupent ces variants en clades, groupes monophylétiques, sur la base de leurs liens de parentés. Ils peuvent alors facilement suivre la propagation des différentes lignées dans les zones géographiques. Cette approche permet également de surveiller des lignées connues pour présenter des mutations biologiquement significatives qui peuvent impacter la santé humaine.
https://www.youtube.com/watch?v=eqPXHs_cq20&t=2s
Variants préoccupants
Tous les variants ne sont pas inoffensifs. Comme les mutations se produisent de manière aléatoire, certaines d'entre elles entraineront des modifications de protéines ayant un rôle clé. Ces mutations peuvent avoir pour conséquence de créer un variant plus contagieux et/ou provoquant des formes cliniques plus sévères. Par exemple, la mutation D614G du SARS-CoV-2, dans laquelle un aspartate de la protéine spike est remplacé par une glycine, a été associé à une forme plus contagieuse du virus. La mutation D614G est apparue en Europe au début de la pandémie et est présente dans la plupart des cas de COVID-19 détectés en Europe et sur le continent Américain
Le CDC (Centres pour le contrôle et la prévention des maladies) a établi trois catégories de variants du SARS-CoV-2.
La première, " Variant d'intérêt ", désigne tout variant dont le marqueur génétique a été associé à un changement du phénotype.
Lorsqu'il est prouvé qu'un variant possède des caractéristiques inquiétantes, il devient un "Variant préoccupant". En fonction de leur taux de propagation, ces variants peuvent entrainer le renforcement des mesures et des restrictions sanitaires. Le B.1.1.7, variant découvert pour la première fois au Royaume-Uni, présente un taux de transmission supérieur d’environ 50 % par rapport aux formes précédentes du SARS-CoV-2. Ce pays a alors été contraint d’intensifier ses mesures de confinement jusqu'à ce que le taux d'infection diminue.
Si un variant est capable de se propager très rapidement malgré les différentes mesures de prévention existantes, il est classé comme "variant très préoccupant". Les méthodes de diagnostics, l’immunité vaccinale ainsi que les traitements thérapeutiques existants pourraient alors se révéler inefficaces sur de tels variants. À l'heure actuelle, il n'y a pas de variant du SRAS-CoV-2 à forte incidence.
Téléchargez notre infographie Les différentes voies métaboliques cellulaires !
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